过量的氮、磷等污染物的输入会导致淡水水体及沉积物受污染，进而导致水体环境恶化；我国城市水体及沉积物中的氮和磷经多年累积，已经是水体内源污染的主要来源之一近年来水体及沉积物内部污染物负荷的控制越来越受到关注。疏浚清淤可以快速将受污染的沉积物从水体中清除，但同时存在成本较高、清淤过程污染物释放难以控制、噪声大、水体断面水位下降、底栖生物减少、有毒物质可能释放到上覆水域以及疏浚物料难以处置等问题化学修复虽然见效快、费用低，但由于药剂投加过量现象时有发生，容易引起水体的二次污染。
水生植物因具有生态幅宽、易繁殖、生长快、较其他植物更加适合污染底泥修复的生物学特性，经常被用于水体底泥修复。沉水植物具有可以降低水体营养物质质量比、促进悬浮物的沉积、提高污水自净能力等诸多优势，研究表明苦草可以通过根系觅食来满足其养分需求，同时改善底泥性状使其成为更适合植物生长的生境。沉水植物（苦草）通过根际干扰可改变沉积物中的微生物群落结构，通常在采用沉水植物进行生态恢复的第一年，水体底质就会有明显改善并有不同的微生物群落形成沉水植物由于长期浸泡在水中，可以直接吸收溶解氧等营养物质，为鱼类提供食物并成为藻类的附着基质，YunCao等通过测定了不同水深条件下苦草的丙二醛、超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶、叶绿素和可溶性蛋白含量及根系活力，证实了苦草在水深低于120rm的环境下生长良好，超过此深度就显示出明显的衰老或死亡迹象。此外，沉水植物还通过光合作用产生氧气，增加溶解氧，吸收、沉淀、富集水体中的氮、磷叩。
底泥是水体中主要的内源污染源之一，然而目前关于沉水植物的报道大多是围绕水质改善、水体中污染物去除等内容开展的，对于底质影响的报道不多。